Joost van den Aardweg is als longarts vooral geïnteresseerd in de werking van het menselijk lichaam. Inzicht in het mechanisme van ziekte (pathofysiologie) helpt hem in de dagelijkse praktijk. Veel van zijn patiënten hebben last van kortademigheid, zuurstofgebrek, of een abnormale ademhaling in de slaap. Eén van de belangrijkse testen om de oorzaak van kortademigheid te achterhalen is de fietstest (ergometrie). Het gaat hierbij om een interactie van hart, longen, bloedsomloop, spieren en het zenuwstelsel. Momenteel werkt hij aan een methode om de resultaten van deze test beter te kunnen interpreteren (‘Cycleplotter’). Zijn wetenschappelijke onderzoek richt zich met name op de regeling van de ademhaling en de manier waarop dit kan ontsporen, tijdens inspanning of in de slaap. Een ander onderwerp is het meten van de luchtwegweerstand met behulp van geforceerde trillingen, bij patiënten met een obstructieve longziekte. Bij dit onderzoek worden relatief eenvoudige wiskundige modellen gebruikt om de werking van het lichaam beter te kunnen begrijpen.

Joost van den Aardweg werd opgeleid tot longarts in het Academisch Medisch Centrum. In 1992 promoveerde hij op een proefschrift over het effect van periodieke ademhaling op de bloedsomloop, onder andere bij patiënten met het slaap-apnoesyndroom (Universiteit van Amsterdam). Van 1997 tot 2001 werkte hij als longarts in het Leids Universitair Medisch Centrum en sindsdien in het Noordwest Ziekenhuis in Alkmaar. Hij is opleider voor het specialisme ‘longziekten en tuberculose’ en is als sectieredacteur verbonden aan het Nederlands Tijdschrift voor Geneeskunde. Hij is een veelgevraagd spreker over klinisch-fysiologische onderwerpen.